Apple于1986年1月推出了全新的System 3

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System 3于1986年1月推出Mac Plus，与Plus一样，它改变了Mac爱好者使用电脑的方式。这是系统软件自诞生以来最明显的升级，在功能和视觉上的变化仅次于System 7和macos 8，同时这也是自System 2以来的巨大变化。

System 3是第一个完全支持Hierarchical File System的操作系统（System 2.1中首次与Apple的HD20硬盘一起推出，但未公开发布）。HFS比旧的Macintosh File System更有效，更易于使用且设计更可靠（MFS）。HFS的主要优点是可以嵌套文件夹（将文件夹放入文件夹中），MFS仅允许您在根级别创建文件夹，它们不会出现在“打开/保存”对话框中，并且在重建桌面时会丢失。HFS可以解决这个问题，它允许您创建许多嵌套文件夹，从而可以在系统范围内更好地进行组织，而不仅仅是在Finder中。

System 3受到了很高的重视，后来又赢得了InfoWorld杂志的“年度OS环境”的“People's Choice Award”奖项。HFS最终在Mac OS 8.1中被HFS Plus取代，后者可以根据最大硬盘容量更好地计算文件大小，并且一直通过macos 10.12被Apple以更新的形式使用。